Bệnh viện đa khoa huyện Kỳ Anh tiền thân là một trạm chuyển thương xây dựng năm 1960 với quy mô nhỏ khoảng 30 giường tại xã Kỳ Hoa- huyện Kỳ Anh. Nhà thương hoạt động với mục đích khám chữa bệnh cho những dân nghèo trên địa bàn khu vực và đảm bảo sự lưu thông bí mật cho chiến trường khi có bộ đội bị thương, cấp cứu và chuyển lên tuyến cao hơn. Nhà thương đi vào hoạt động và chịu sự quản lý trực tiếp của Ủy ban nhân dân huyện Kỳ Anh.

Trong nhưng năm đầu thành lập Nhà thương Kỳ Hoa có trang thiết bị cơ sở vật chất còn rất khiêm tốn, chỉ vài dãy nhà cấp bốn đơn sơ, một số giường bệnh và số cán bộ y tế cũng rất còn hạn chế. Ở thời điểm này khi có sự thay đổi về sơ cấu nhân sự thì sẽ do ban lãnh đạo Huyện ra quyết định để điều chỉnh, chẳng hạn có sự thuyên chuyển hay cán bộ nghỉ hưu.

Năm 1980 nhà thương Kỳ Hoa được chuyển về xây dựng tại vị trí hiện nay với   quy mô 120 giường bệnh. Trải qua mấy chục năm phát triển, mấy lần thay đổi tên gọi do tách và nhập Trung tâm y tế dự phòng, Trạm y tế xã, đến ngày 29 tháng 4 năm 2008, Ủy ban nhân dân tỉnh Hà Tĩnh đã có Quyết định số 1166/QĐ-UBND chính thức thành lập Bệnh viện đa khoa huyện Kỳ Anh và bổ nhiệm Bác sỹ chuyên khoa II Phan Thị Xuân Liễu làm giám đốc bệnh viện. Từ đó đến nay bệnh viện đã đáp ứng được nhu cầu KCB cơ bản của nhân dân trong huyện và gần đây là cả số cán bộ, công nhân khu kinh tế Cảng Vũng Áng.