Phòng KHTH là đơn vị tham mưu cho Giám đốc trong công tác lập kế hoạch, quản lý và chỉ đạo chuyên môn, đào tạo, NCKH và quan hệ quốc tế.
Phòng Tổ chức hành chính là phòng nghiệp vụ, chịu sự lãnh đạo trực tiếp của Giám đốc bệnh viện và chịu trách nhiệm trước Giám đốc về tổ chức thực hiện công tác tổ chức cán bộ, công tác bảo vệ chính trị nội bộ của Bệnh, thực hiện, giám sát các hoạt động hành chính của bệnh viện.